Prinsip otonomi daerah sesuai dengan Undang-undang No. 32 tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah menuntut pelaksanaan otonomi yang nyata dan bertanggungjawab dalam penyelenggaraan pendidikan sesuai dengan peraturan yang berlaku. Daerah berwenang untuk menangani urusan pendidikan yang dilaksanakan berdasarkan tugas, wewenang, dan kewajiban yang senyatanya telah ada dan berpotensi untuk tumbuh, hidup dan berkembang sesuai dengan potensi dan kekhasan daerah. Selain itu daerah juga harus bertanggungjawab dalam penyelenggaraannya yang benar-benar sejalan dengan tujuan dan maksud pemberian otonomi, yang pada dasarnya untuk memberdayakan daerah termasuk meningkakatkan pelayanan dasar pendidikan yang merupakan bagian utama dari tujuan nasional.

Otonomi dalam bidang pendidikan yang diwujudkan dalam PP No. 25 tahun 2000 tentang Kewenangan Pemerintah dan Daerah Propinsi sebagai Daerah Otonom, pasal 2 ayat (2) dan (3) dalam bidang pendidikan telah dinyatakan bahwa pemerintah (Pusat) memiliki kewenangan antara lain (1) penetapan standar kompetensi siswa dan warga belajar serta pengaturan kurikulum nasional dan penilaian hasil belajar secara nasional serta pedoman pelaksanaannya, (2)penetapan standar materi pelajaran pokok, (3) penetapan pedoman pembiayaan penyelenggaraan pendidikan, dan (4) penetapan kalender pendidikan dan jumlah
jam belajar efektif setiap tahun bagi pendidikan dasar, menengah dan luar sekolah.